癌症信息核心试点项目(CIC-P)为癌症研究提供了对癌症研究的合作信息支持,通过用于软件使用的指导,并通过作为各种NGS数据服务的联络。

CIC-P社区和领导

Raja Mazumder.Raja Mazumder,博士。
生物化学和分子医学副教授
办公室电话:202-994-5004
电子邮件:mazumder@gwu.edu.

研究员生物:

Mazumder博士是乔治华盛顿大学(GW)的麦考克基因组蛋白质组学中心的生物化学和分子医学和分子医学和联合主任。在NIH,UNIPROT和蛋白质信息资源(PIR)在NIH的国家生物技术信息(NCBI)的工作时,Mazumder博士与开发国际分子生物资源的同事密切合作,并使用这些资源来识别治疗,诊断和疫苗目标。通过目前的NIH,FDA和行业拨款和合同,他参与了与癌症生物学,糖生物学,肉质组合和标准发展相关的基因组和生物信息学研究。他的专业知识是NGS和蛋白质组学数据分析的大数据分析平台和知识库开发。

Anelia Horvath.Anelia Horvath,Ph.D.
药理学与生理学助理研究教授
办公室电话:202-994-2114
电子邮件:horvatha@email.gwu.edu

研究员生物:

Horvath博士是药理学与生理学副教授。她也是GW的麦考氏菌基因组蛋白质组学中心的共同主导。在这一角色中,她与GW的同事密切合作,支持OMICS级项目,并提供项目设计和数据分析和解释的援助。Horvath的团队博士已经设计和实施了下一代测序(NGS)分析管道,可有效地整合了标准对准,装配,丰度和变体分析,具有各种自定义模块来回答特定的项目问题。Horvath博士的研究有两个主要方面。首先是从下一代测序(NGS)数据集中的生物学上显着的趋势。她的团队设计了新的挖掘和整合不同级别的 - 家用数据的策略,并在用户友好的软件包中实现它们。第二方面侧重于上述方法对不同疾病病症的应用,包括癌症。特别焦点是乳腺癌,她的团队在高危突变载体中鉴定的癌症保护基因组签名,无癌症。

基思A. Crandall,Ph.D.基思克兰德尔
计算生物学教授
办公室电话:571-553-0107
电子邮件:kcrandall@gwu.edu.

研究员生物:

Crandall博士是GW计算生物学研究所的创始总监。教授克兰德普拉尔研究了计算生物学,人口遗传学和生物信息学,大数据方法DNA序列分析的开发和测试。他适用于研究传染病(特别是HIV)和甲壳类动物(特别是小龙虾)的演变的研究。Crandall教授发布了超过250份同行评审出版物,以及三本书。他是奥克福德大学的富布赖特访问学者,以及奥克兰大学的艾伦威尔逊中心休假。Crandall教授已经获得了一些研究和教学奖,包括美国自然主义社会年轻的调查员奖,这是一个NSF职业奖,Bioinformatics的Phroma基金会教师发展奖,Brigham Young University的年度奖项奖,ISI非常引用研究人员和爱德华·威尔逊自然主义奖。他最近也被选为美国科学促进协会(AAAS)的伙计。克兰德教授从华盛顿大学统计中的卡拉马祖学院赢得了卡拉马祖学院的BA学位,以及来自华盛顿大学医学院的生物学和生物医学科学学院的博士学位。他还担任厄瓜多尔Puyo的和平军团志愿者。

hiroki morizo​​noHiroki Morizo​​no,Ph.D.
综合系统生物学助理研究教授
办公室电话:202-476-4862
电子邮件:hiroki@gwu.edu.

研究员生物:

Morizo​​no博士是综合体系生物学和儿科学副教授,在GW医学和健康科学学院。他也是儿童国家卫生系统遗传医学研究中心的主要调查员。Morizo​​no博士是GW儿童临床和翻译科学研究所的信息组成部分的领导之一,他正在开发将使研究人员能够询问电子健康记录数据,并获得影响儿科健康的因素的见解。在这一角色中,他与GW的同事密切合作,在专业知识上弥补差距,鼓励形成新的合作,提高研究资源的互相分担。

他的研究在很大程度上重点关注新陈代谢的原始错误,特别是使用信息学,生物化学,生物物理和结构生物学方法的尿素周期障碍。他的团体表明,这种途径的破坏似乎增加了肝脏中脂肪水平,这是一种熟悉纤维化和肝细胞癌的风险的因素,并且可以通过基于AAV的载体通过基因递送来降低这一点。

乔治华盛顿萧条

清曾,博士。
生物医学信息学教授
办公室电话:202-994-5615
电子邮件:zengq@gwu.edu.

研究员生物:

曾博士是GW的生物医学信息中心的职业教授和董事。她也是华盛顿特区VA Medical Centre卫生和老龄化中心的副主任。She is an elected Fellow of the American College of Medical Informatics.通过20年的信息学经验,她的研究侧重于数据挖掘,消费者健康信息学和语义数据集成。她发表了90多个同行评审条款,并担任了十多个NIH,VA,国防部和公司赞助的研究项目的PI,同时还与临床域中的同事广泛合作,从心脏病学到肿瘤学。由国际医学信息协会的年鉴多次选择她的稿件。其他奖项包括2007年美国AMIA年度研讨会,2011年美国医疗信息协会的联合峰会的杰出纸奖,以及2016年美国医疗信息学协会的年度研讨会的杰出论文奖。2014年,她的“HeartleLikemine”项目在美国医疗信息学协会和学院健康赞助的IHEPHEATH会议上赢得了“工作”比赛的“思想”比赛。在她的时间在哈佛,她为两个大型联盟项目(I2B2和Spin)开发了一种自然语言处理(NLP)工具(Hitex)。Hitex是全国第一个开源全面临床NLP系统。 At VA, she developed NLP tools for two other large consortium projects (VINCI and CHIR) and has organized a VA-wide collaboration to develop interoperability standards and collaborative NLP development environments for the broader clinical NLP community.

通过MGPC提供的商业软件

诅咒R10
佐芙是一个基因组浏览器,参考映射和用于NGS分析的序列组装工具。
HGMD.
HGMD是关于已发表的人类遗传疾病突变的综合数据的金标准资源。

聪明才智途径分析(IPA)
IPA是复杂OMICS数据的途径和网络分析。

跖骨
Metacore是一种高质量的生物系统内容,是系统生物学研究的理想选择。


药物设计与同源性建模软件。

on ..
计算基因表达签名,集群和基因集模块,用于从数据中提取生物洞察。

originLab.
OriginLab是一种数据图形软件,用于科学家和工程师的技术图表,显示2D和3D绘图,统计,曲线配件和峰值配件。

Transfac.
Transfac提供有关真核转录因子,其结合位点,共有凝聚序列和调节基因的数据。

常问问题

RNA测序费用是多少?

还称为整个转录组霰弹枪测序的RNA测序是从血液,细胞或组织检测转录组的方法。RNA-SEQ允许用户探索转录同种型,基因融合,单核苷酸变体和特定基因表达。价格取决于读数的数量(例如,人类样品的1500万读取费用约为500美元/样本)。用户需要提供RNA文库,细胞样品或组织样品。或者,用户可以选择将原料(组织,细胞等)发送到测序公司,并且它们可以将RNA分离为50美元/样品,包括小RNA。

exome测序成本是多少?

外壳测序,其也称为全外壳测序(WES),是一种检测基因组中蛋白质编码区域的技术。Exome-SEQ允许用户揭示单一核苷酸变体和染色体畸变。价格取决于读数的数量和覆盖范围的平均值(例如,1800万读数和35倍的平均覆盖率为1100美元/样本)。用户需要提供总基因组DNA。或者,用户可以选择将原料(组织,细胞等)发送到测序公司,并且可以以50美元/样品分离DNA。

Metagenomics测序费用是多少?

Metagenomics测序是一种研究来自环境基因组学,生态学或社区基因组学的遗传物质的方法。Metagenomic测序允许研究人员识别样品中存在的生物,例如评估环境中的细菌多样性。该服务包括DNA分离,扩增,文库制备和Miseq用于人类样品的测序。价格不同于不同的分析(例如,4500万美元的读数和2倍的平均覆盖率为300美元/样本)。

Baidu